A Estrutura de Governança do TRFMED é composta pelos Conselhos Deliberativo e Fiscal, e a gestão é realizada pela Diretoria Executiva de Autogestão em Saúde, unidade administrativa vinculada à Presidência do TRF5.

O Conselho Deliberativo é o órgão responsável por definir a operação, as normas complementares e as políticas de saúde, além de deliberar sobre o orçamento anual, as políticas de investimentos, as contribuições dos beneficiários e as metas financeiras. Também é o Órgão máximo de decisões sobre assuntos da Autogestão em Saúde. A atual mesa diretora foi designada pelo Ato da Presidência Nº 259/2025, com um mandato de dois anos.
| Membro | Titular | Suplente |
|---|---|---|
| Desembargador eleito pelo Tribunal Pleno – PRESIDENTE | Desembargador Federal Rodrigo Antônio Tenório Correia da Silva | Desembargador Federal Leonardo Augusto Nunes Coutinho |
| Magistrado de 1º Grau eleito pelo Tribunal Pleno | Juiz Federal Carlos Vinicius Calheiros Nobre | Juiz Federal Hallison Rêgo Bezerra |
| Magistrado indicado pela Presidência do Tribunal | Juiz Federal André Luis Maia Tobias Granja | Juiz Federal César Arthur Cavalcanti de Carvalho |
| Servidor indicado pela Presidência do Tribunal | Ricardo de Menezes Araújo | Thyago Tenório Correia de Ataíde Cavalvancanti |
| Representante da Unidade de Assistência à Saúde do Tribunal indicada pela Presidência do Tribunal | Maria Catarina de Melo Dias Guerra | Jeniffer Mirelli dos Santos Lopes |
| Diretor da Diretoria de Orçamento e Finanças do Tribunal Suplente: (art. 39, § 2º, inciso II do Regulamento do TRFMED); | Sebastião Marcos Campelo | Substituto legal do titular |
| Servidor representante dos aposentados, indicado pela Presidência do Tribunal | Rondon Veloso da Silva | Ricardo Bouwman Filho |
| Representante eleito entre os magistrados da Justiça Federal na 5ª Região vinculados ao Plano | Juiz Federal Tarcísio Barros Borges | Juíza Federal Roberta Walmsley Soares Carneiro Porto de Barros |
| Representante eleito entre os servidores da Justiça Federal na 5ª Região vinculados ao Plano | Jeremias Germano da Silva | Lucas Leopoldino Mota |
O Conselho Fiscal é o Órgão responsável pelo acompanhamento anual da prestação de contas do TRFMED, por meio da emissão de parecer após análise dos demonstrativos de receitas e despesas da Autogestão. A atual mesa diretora foi designada pelo Ato da Presidência Nº 260/2025, com um mandato de dois anos.
| Membro | Titular | Suplente |
|---|---|---|
| Magistrado eleito pelo Pleno | Juiz Federal Luiz Bispo da Silva Neto | Juiz Federal Gustavo Melo Barbosa |
| Servidor eleito pelo Pleno | Fernanda Moreira D’Oliveira | Laysa Lopes Andrade Lima |
| Representante eleito entre os magistrados e servidores da Justiça Federal na 5ª Região vinculados ao Plano | Juiz Federal Joaquim Lustosa Filho | Francisco Giovanni de Oliveira Gurgel |
A Diretoria Executiva de Autogestão em Saúde é a unidade administrativa vinculada à Presidência do TRF5, responsável pela operacionalização do TRFMED. Conta com o apoio de colaboradores em cada uma das Seccionais da Justiça Federal da 5ª Região.
